Коттон атаковал сначала зубы и постепенно продвигался к другим органам. Рот, по его рассуждению, был самым очевидным местом, где таятся микробы. Поэтому он начал с удаления инфицированных зубов, непрорезавшихся зубов, зубов с кариесом и абсцессами. Он даже велел вырвать свои собственные зубы, а также зубы своей жены и двух сыновей в качестве профилактической меры во избежание риска заражения. Когда удаление зубов не излечивало его пациентов, он удваивал усилия и в процессе лишал их миндалин и пазух. Если излечение так и не наступало, под подозрение в укрывательстве инфекции попадали другие органы. Вскоре пациенты лишались селезёнок, толстых кишок, яичек, яичников, жёлчных пузырей и прочих органов.
Из каждых трёх пациентов, прооперированных Коттоном, один умирал. Коттон приписывал смерти плохому физическому состоянию пациентов, вызванному хроническим психозом. Среди выживших Коттон заявлял о высоком проценте успеха — 85 процентов, — статистике, которая принесла ему множество похвал от научного сообщества. Отчаявшись найти облегчение, многие состоятельные мужчины и женщины, страдавшие психическими заболеваниями, стекались в Трентон в поисках чудесного исцеления от Коттона. Однако многих приходилось буквально тащить в операционную, поскольку пациенты кричали и отбивались. Иногда даже о проведении вмешательств семьи не ставили в известность.
