В нулевых Владимир Николаев решил сменить сферу деятельности и был избран депутатом краевого парламента. Пробыл депутатом он недолго, всего три года — с 2001 по 2004 годы. В том же 2004-ом прыгнул в кресло мэра Владивостока, где просидел до 2008 года. По версии Генпрокуратуры, в годы исполнения функций представителя власти он не предоставлял достоверную информацию о своих источниках дохода, их размере и легальности.
В 2007 году за превышение и злоупотребление полномочиями Николаева осудили на 4,5 года условно, а также запретили три года занимать руководящие должности в государственных и муниципальных учреждениях. Осенью 2008 года суд заменил Николаеву условный на реальный срок, поскольку он пропустил ежемесячную регистрацию в уголовно-исполнительной инспекции. Позднее он прислал в суд заявление о том, что проходил лечение в Таиланде. Лечение продлилось десять лет. В Россию, когда всё улеглось, он вернулся лишь в 2018 году.
