Когда в 1553 году на престол взошла Мария I, она использовала Клинк для заключения протестантов. Несчастных держали в колодках и на столбах и морили голодом. Тех, кто не умер от голода, позже казнили.
Когда королева Елизавета пришла к власти, она продолжила использовать тюрьму для религиозных преследований, но на этот раз под удар попали католики, а также протестанты-пуритане. В 1584 году пуритане планировали свергнуть церковь. Когда Елизавета узнала об этом, она приказала применить к ним самые суровые меры, и десятки пуритан были заморены голодом. Некоторые из тех, кто выжил, позже отправились на корабле «Мэйфлауэр» в Штаты в 1620 году.
