Как рассказал на допросе Алексей Зычков, пассажирский поезд не успел остановиться у входного сигнала, а в это время навстречу выкатился его состав. Как слышно из опубликованных переговоров диспетчера и машиниста, грузовому поезду, чтобы предотвратить столкновение, не хватило тормозных башмаков. На допросе машинист и его помощник признались, что после поломки закрепили состав пятью башмаками, хотя согласно ТБ, он должен быть закреплён как минимум 33 башмаками.
По версии следствия, в момент столкновения машиниста Зычкова не было в кабине поезда — он чинил излом токоприёмника. Через некоторое время из-за проблем с тормозами состав покатился с горки, из-за чего произошло столкновение с пассажирским поездом.