Был старообрядцем, жил Приднестровье. Накануне переписи населения 1897 года, в общине началась истерия и её духовный лидер — старица Виталия — заявила, что наступают последние дни. И если они примут участие в переписи, то наложат на себя печать антихриста и сгинут в адском пламени. Поэтому предложила вариант — уйти всем из жизни добровольно. Самоубийство старообрядцы не рассматривали, это же страшный грех, так что нашли самого незамутнённого и велели ему заживо замуровать их в ямах. Этим незамутнённым оказался Ковалев, поскольку он работал каменщиком.
Федор подошёл к делу основательно: помог членам общины залечь в заранее выкопанные ямы, заделал их кирпичами и засыпал землёй. Что совершает жуткое массовое убийство, он как-то не подумал, и отправил на тот свет около 30 человек. Среди них была его мать, жена и дочери. На это у него ушло 3 месяца, и только тогда весть об этой дичи дошла до властей и Федора арестовали. Даже известна примерная дата задержания — апрель 1897 года, с того момента Ковалев сидел в монастырской тюрьме, но вышел на свободу уже в 1905 году.
О его дальнейшей судьбе ходят разные версии. По одной из них, он снова женился, обзавёлся детьми и спокойно умер в 1920-х годах уже в советской России. По другой — вместе с остатками общины староверов эмигрировал после революции сперва в Румынию, а затем в Канаду. И жил там почтенным старцем до середины 1930-х.