Второй важной причиной исчезновения медоносных насекомых считается расширение применения пестицидов и других мощных удобрений в сельском хозяйстве. Они уничтожают не только паразитов и сорняки, но и отравляют растительные породы, необходимые для мёда. Но главной опасностью, как считают многие пчеловоды, является появление агрессивных посторонних видов пчёл.
На рубеже веков много шума в мире наделало появление африканских пчёл-убийц, которые просто уничтожали других медоносных сородичей. Несмотря на название «африканские», впервые они появились в Южной Америке и стали результатом мутации африканских и местных пчёл. Они были крупнее и давали больше мёда, но он оказался горьким, а поведение мутантов было агрессивным. Подобный процесс можно наблюдать и в современной России, где на сегодняшний день получили широкое распространение узбекские пчёлы.